Столкнулся дома с такой проблемой. Установлен браузер Mozilla Firefox 4 PORTABLE версии.

Если запускать  его через ярлык на рабочем столе или через файл FirefoxPortable.exe, то он работает с профилем, который лежит внутри него. То есть портативным профилем. А если сделать его браузером по-умолчанию и кликнуть ссылку в почтовике или открыть HTML файл, то открывается портабл, но профиль создает в Documents and Settings/имя пользователя/Application Data/ и использует его.

У ThunderbirdPortable такая же фигня, из письма кликаю по ссылке, открывается файрфокс портабл, но предлагает создать новый профиль, внутренний не использует.