Столкнулся дома с такой проблемой. Установлен браузер Mozilla Firefox 4 PORTABLE версии.

Если запускать  его через ярлык на рабочем столе или через файл FirefoxPortable.exe, то он работает с профилем, который лежит внутри него. То есть портативным профилем. А если сделать его браузером по-умолчанию и кликнуть ссылку в почтовике или открыть HTML файл, то открывается портабл, но профиль создает в Documents and Settings/имя пользователя/Application Data/ и использует его.

У ThunderbirdPortable такая же фигня, из письма кликаю по ссылке, открывается файрфокс портабл, но предлагает создать новый профиль, внутренний не использует.

Решение было найдено следующее.

Найти файл Documents and Settings\имя пользователя\Application Data\Mozilla\Firefox редактируем файлик profiles.ini

Открыть и найти там текст

[General]
StartWithLastProfile=1

[Profile0]
Name=default
IsRelative=0
Path=C:\Programm files\FirefoxPortable\Data\profile

Меняем переменную Path на тот путь, который нам нужен (я поставил C:\Programm files\FirefoxPortable\Data\profile)

Еще изменить переменную IsRelative и поставить ее равной 0.

Теперь можно указать Firefox браузером по умолчанию и все нормально будет.