Проверяя систему Windows XP SP3 после чистки от вирусов искал файлы по определенным параметрам и наткнулся на папку C:\WINDOWS\Prefetch.

В папке Prefetch лежат программы, которые загружаются при запуске Виндовс, с целью быстрого запуска этих самых программ. Удалять не только можно, но и нужно, иначе их собирается слишком много и это замедляет запуск и работу самой винды. Смотри, что действительно часто используешь, а остальное - в корзину!

Это примерно то же, что и папка Applog в Win98. В общих чертах, в файлах хранится порядок загрузки фрагментов соответствующих программ, что позволяет Виндам извлекать с диска в кэш фрагмент, который понадобится в ближайшее время, до того как он действительно будет запрошен (пока процессор занят другими делами). Таким образом, при последующем реальном запросе этого фрагмента он будет взят уже не с диска, а из кэша, что ускоряет запуск программ, и в том числе загрузку ХР.

Это все можно отключить.

HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Memory Management\PrefetchParameters

DWORD EnablePrefetcher, параметр может принимать следующие значения:
0 - отключить сервис
1 - упреждающая выборка приложений
2 - упреждающая выборка приложений, запускаемых во время загрузки системы (используется Windows Server 2003 по умолчанию)
3 - включены обе упреждающие выборки (пп. 1 и 2) используется Windows XP по умолчанию

Перезагрузите компьютер, чтобы изменения вступили в силу.